9 novembre 20251 Views 4 min read

Les effets de médicaments antiinflammatoires avec Libmol (modélisation de l’inhibition compétitive de la COX par l’ibuprofène)

Résumé de l’article

Qui : Des élèves de 1re générale et technologique (SVT), encadrés par l’Académie d’Aix-Marseille.
Quoi : Modéliser avec un visualiseur moléculaire (Libmol) la structure de la cyclo‑oxygénase (COX) et la complémentarité du site actif avec l’acide arachidonique et/ou l’ibuprofène, puis confronter ressources scientifiques et résultats pour conclure sur l’action antiinflammatoire par inhibition compétitive.
Où : Ressource pédagogique en ligne (Académie d’Aix‑Marseille / Edubase).
Quand : Mise à jour le 9 novembre 2025.
Pourquoi : Comprendre le mécanisme d’action de certains médicaments et développer des compétences numériques, d’analyse de données et d’argumentation scientifique.

Niveau et public cible

CM2 – Élèves (cycle 3) / Collégiens / Citoyens débutants EMI

Objectifs pédagogiques

Comprendre : que la modélisation de la COX avec Libmol permet d’observer la complémentarité entre le site actif de l’enzyme et ses ligands (acide arachidonique et/ou ibuprofène) afin d’expliquer les effets de médicaments antiinflammatoires par inhibition compétitive, en lien avec le programme de SVT et les compétences numériques (CRCN : informations et données, création de contenus).
Identifier : des indices de manipulation possibles (exagérations sur l’efficacité des médicaments, absence de sources, confusion entre corrélation et causalité) et les repérer dans des contenus santé.
Vérifier : une information similaire (ex. “l’ibuprofène bloque la COX”) en croisant une ressource scientifique, la modélisation Libmol et un article pédagogique fiable, puis expliquer la conclusion avec un vocabulaire simple.

Contenu du cours

« les élèves argumentent et concluent sur les effets de médicaments anti-inflammatoires par inhibition compétitive de la cyclo-oxygenase. »

À partir de la ressource, on observe dans Libmol la forme du site actif de la COX. On y “pose” virtuellement l’acide arachidonique (substrat naturel) et l’ibuprofène (médicament). Quand l’ibuprofène occupe le site actif, il empêche le substrat de s’y fixer : c’est une inhibition compétitive. On compare ensuite ces observations aux ressources scientifiques fournies pour vérifier que l’explication est cohérente et sourcée. Cette démarche illustre une bonne pratique EMI : relier une affirmation à des données observables et à des sources de qualité.

Étape 1 : Lire l’énoncé et relever les mots-clés (COX, site actif, acide arachidonique, ibuprofène, inhibition compétitive).
Étape 2 : Ouvrir le modèle 3D dans Libmol, repérer le site actif et tester l’emboîtement des molécules (complémentarité de forme et d’interactions).
Étape 3 : Confronter la visualisation avec les ressources scientifiques et formuler une conclusion sourcée sur le mécanisme d’action de l’ibuprofène.

Mots-clés simplifiés

Enzyme : petite machine du vivant qui accélère les réactions chimiques.
Site actif : zone précise de l’enzyme où vient se fixer la molécule qui réagit.
Inhibition compétitive : quand un médicament prend la place du substrat dans le site actif et bloque la réaction.

Exemples concrets reliés à l’article

Exemple 1 : Dans Libmol, afficher la COX puis colorer le site actif ; charger l’acide arachidonique et observer son emboîtement.
Exemple 2 : Remplacer l’acide arachidonique par l’ibuprofène et constater qu’il occupe la même zone : la réaction est alors bloquée.
Exemple 3 : Lire une fiche santé qui affirme “l’ibuprofène stoppe l’inflammation” et vérifier en expliquant : “il se fixe sur la COX et empêche le substrat d’entrer” (preuve par modélisation + sources).

Quiz interactif EMI

Réponds puis clique pour vérifier :

Fiche synthétique

Point clé 1 : La modélisation 3D (Libmol) montre la complémentarité entre le site actif de la COX et ses ligands, expliquant l’effet antiinflammatoire par inhibition compétitive.
Point clé 2 : Exemple vérifiable : l’ibuprofène occupe le site actif de la COX et empêche l’acide arachidonique de s’y fixer, ce qui bloque la réaction.
Point clé 3 : En EMI, toujours relier une affirmation santé à des données visibles (modèles, mesures) et à des sources fiables avant de conclure.